Постановою Верховної Ради України від 30 червня 1993 року першим головою суду був обраний Козирєв Костянтин Юрійович, який повинен був вирішити ряд непростих питань щодо формування та організації роботи новоствореної одиниці системи арбітражних судів. Протягом 1993 року до колективу суддів арбітражного суду міста Севастополя приєдналися Мальована Лариса Яківна та Голик Віктор Сергійович. Постановою Верховної Ради від 17 грудня цього ж року на посаду заступника голови суду була обрана Колесова Людмила Миколаївна.
З розвитком ринкових відносин у державі зросла і кількість спорів між господарюючими суб’єктами, з’явились нові категорії справ, і, як наслідок, виникла необхідність збільшення штату суду та призначення нових суддів. Так, у 1995 році на посади суддів арбітражного суду були призначені Сотула Вікторія Володимирівна та Тарасова Ірина Георгіївна.
Значну роль у процесі становлення арбітражного суду міста Севастополя, як вже сформованої структури, відіграв Коваль Володимир Миколайович, призначений на посаду голови суду Указом Президента України від 17 квітня 1997 року.
У вересні 1997 року завдяки спільним зусиллям керівництва міста, Вищого арбітражного суду України та арбітражного суду міста Севастополя, суду був наданий власний будинок у центрі міста.
Протягом двох років суд комплектувався новими кадрами і до 2001 року колектив збільшився майже вчетверо. Посади суддів арбітражного суду міста Севастополя в цей період обійняли: Черткова Ірина Валентинівна, Гонтар Віктор Іванович, Савчинська Ольга Борисівна.
Згідно із Законом України «Про внесення змін до Закону України «Про арбітражний суд» від 21 червня 2001 року арбітражний суд міста Севастополя було перейменовано на господарський суд міста Севастополя. Указом Президента України «Про утворення апеляційних господарських судів та затвердження мережі господарських судів України» від 11 липня 2001 року утворено Севастопольський апеляційний господарський суд, який очолив Коваль Володимир Миколайович.
Цим же Указом затверджено новий кількісний склад суддів господарського суду міста Севастополя — 11 одиниць. На виконання цих законодавчих змін фактично відбувся поділ господарського суду міста Севастополя, вже згуртованого колективу працівників, на дві установи. Більш досвідчені судді і спеціалісти перейшли до апеляційного господарського суду, а на тих, хто залишився працювати у суді першої інстанції, чекало ще одне випробування: необхідно було навчити нове покоління суддів та молодих спеціалістів, передати їм свій практичний досвід, не збавляючи, водночас, темпів щодо розгляду судових справ.
Разом з «малою судовою реформою» на 2001 рік прийшовся й пік кількості розглянутих господарським судом міста Севастополя господарських справ, який в 10 разів перевищив показник роботи суду за 1994 рік.
У таких складних умовах виконання обов’язків голови господарського суду міста Севастополя наказом Вищого господарського суду України від 14.01.2002 № 11-к було покладено на Колесову Людмилу Миколаївну, заступника голови суду.
Протягом 2001–2003 років господарський суд міста Севастополя прийняв нове поповнення суддівського корпусу. Так, у 2001 році на посади суддів суду були призначені Антонова Іраїда Володимирівна, Котлярова Олена Леонідівна, у 2002 році – Гоголь Юрій Михайлович, Лазарев Сергій Геннадійович, Алсуф’єв Віктор Володимирович, та у 2003 році – Ткаченко Михайло Іванович, Бакумова Людмила Євгенівна, Дмитрієв Віктор Євгенович, Рибіна Світлана Анатоліївна, Харченко Ігор Арсентійович. Указом Президента України від 18.06.2003 з господарського суду Автономної Республіки Крим на посаду судді господарського суду міста Севастополя була переведена Ілюхіна Ганна Павлівна. У такому оновленому складі суддів під керівництвом призначеного на посаду голови господарського суду міста Севастополя, заслуженого юриста України Алсуф’єва Віктора Володимировича, у 2004 році почався новий етап розвитку суду.
Помічником новому голові суду у справі підвищення якості вирішення господарських спорів, створення апарату суду та формування професійного колективу став Лазарев Сергій Геннадійович, призначений 1 червня 2004 року на посаду заступника голови господарського суду міста Севастополя. В цьому ж році до штату господарського суду міста Севастополя увійшла суддя Шевчук Наталія Григорівна.
Впродовж наступних сьоми років колектив суддів господарського суду міста Севастополя поповнили: Остапова Катерина Андріївна та Євдокімов Ігор В’ячеславович (2005 рік), Сімоходська Дар’я Олександрівна, Головко Валерія Олегівна, а також переведена з господарського суду Автономної Республіки Крим Альошина Світлана Михайлівна (2008 рік), Погребняк Олексій Станіславович та Юріна Олена Миколаївна (2009 рік), Ребриста Світлана Вікторівна, Янюк Олена Сергіївна, Плієва Наталя Гурамівна, Єфременко Оксана Олександрівна, Кравченко Вікторія Єфимівна (2011 рік), Щербаков Сергій Олександрович, Лотова Юлія Василівна та Архипенко Олександр Михайлович (2012 рік).
На початку 2011 року відбулися значні зміни суддівського корпусу суду, так Рибіна Світлана Анатоліївна, Євдокімов Ігор В’ячеславович та Дмитрієв Віктор Євгенович у 2011 році були переведені до Севастопольського апеляційного господарського суду, а заступник голови Лазарев Сергій Геннадійович був призначений головою господарського суду Автономної Республіки Крим. На посаду заступника голови господарського суду міста Севастополя 27 січня 2012 року була призначена Кравченко Вікторія Єфимівна.
Відбулися зміни й в керівництві апарату суду – 23 березня 2012 року на посаду керівника апарату був призначений Стефаненко Василь Михайлович.
За 20-ти річну історію існування суд прийняв до своїх лав майже 36 суддів, 13 з яких в подальшому перейшли на роботу на посади суддів Севастопольського апеляційного господарського суду. Роль господарського суду міста Севастополя з року в рік зростає, а його колектив на належному професійному рівні здійснює покладену на нього функцію захисту прав та інтересів учасників господарських правовідносин.